يحتوي الماء العسر على تركيزات عالية من الكالسيوم والمغنيسيوم والأملاح المعدنية الأخرى التي، عند تسخينها وتبخرها، يمكن أن تشكل رواسب على أسطح المبادلات الحرارية للمكثف المبرد بالماء. وبمرور الوقت، يعمل هذا المقياس كحاجز عازل بين ماء التبريد والأسطح المعدنية للمكثف، مما يضعف كفاءة التبادل الحراري. ومع زيادة سماكة المقياس، فإنه يتطلب المزيد من الطاقة لتحقيق نفس تأثير التبريد، مما يؤدي إلى انخفاض كفاءة النظام، وارتفاع تكاليف التشغيل، وزيادة تآكل النظام. يمكن أن يؤدي تراكم القشور أيضًا إلى انخفاض سعة التدفق داخل المكثف، مما يؤدي إلى ارتفاع الضغوط ودرجات الحرارة. لمكافحة هذه التأثيرات، تستخدم العديد من المكثفات المبردة بالماء منقيات المياه التي تزيل أيونات الكالسيوم والمغنيسيوم، أو تستخدم مواد كيميائية مضادة للتقشر لمنع تكوين الترسبات.

يمكن أن تؤدي جودة المياه ذات مستويات الحموضة الشديدة (إما حمضية جدًا أو قلوية جدًا) إلى تآكل المكونات المعدنية في مكثف مبرد بالماء . يمكن أن يتسبب انخفاض درجة الحموضة (الحمضية) في أكسدة الأسطح المعدنية، مما يؤدي إلى الصدأ وإضعاف السلامة الهيكلية للمكثف، في حين أن ارتفاع درجة الحموضة (القلوية) يمكن أن يسبب الماء تآكلًا قلويًا، مما يؤدي إلى تحطيم الأسطح المعدنية. يمكن أن يؤدي وجود الكلوريدات، التي توجد غالبًا في مياه البحر أو مياه التبريد الصناعية، إلى تسريع عملية تآكل الحفر، مما يؤدي إلى تلف موضعي. لمنع التآكل، يجب معالجة المياه للحفاظ على نطاق الرقم الهيدروجيني الأمثل، عادة ما بين 7 و 8.5، وهو مثالي لمنع التآكل الحمضي والقلوي. تُستخدم عادةً مثبطات التآكل، مثل الفوسفات أو مركبات الزنك أو السيليكات، جنبًا إلى جنب مع اختبارات المياه المنتظمة للتأكد من أن جودة المياه ضمن الحدود المسموح بها.

يمكن أن تؤدي مصادر المياه التي تحتوي على رواسب أو أوساخ أو مواد جسيمية أخرى إلى الانسداد والانسداد داخل أنظمة أنابيب المكثف المبرد بالماء والمبادلات الحرارية. يمكن لهذه الجزيئات الصلبة أن تعيق تدفق الماء، مما يقلل من قدرته على حمل الحرارة بعيدًا عن المكثف. يؤدي انخفاض التدفق إلى زيادة الضغط داخل المكثف ويقلل من كفاءة التبريد الإجمالية. مع مرور الوقت، يمكن أن يؤدي تراكم الرواسب إلى تآكل المكونات الداخلية بشكل جلخ، مما يزيد من احتياجات الصيانة واحتمال الفشل. وللتخفيف من هذه المشكلات، يتم عادةً تركيب أنظمة الترشيح أو المصافي عند نقاط مدخل المياه لالتقاط الجزيئات الكبيرة قبل دخولها إلى المكثف. تم تصميم هذه الأنظمة لإزالة الرمل والطمي والمواد الصلبة العالقة الأخرى التي قد تؤدي إلى تلف المكونات الداخلية أو تقليل الأداء.

يحدث الحشف الحيوي عندما تتراكم الكائنات الحية الدقيقة، مثل البكتيريا والطحالب والفطريات، على أسطح التبادل الحراري للمكثف. عند تركها دون مراقبة، يمكن لهذه الكائنات الحية الدقيقة أن تشكل غشاءًا حيويًا، يعمل كطبقة عازلة تعيق انتقال الحرارة بشكل كبير. يعزز الغشاء الحيوي أيضًا التآكل والانسداد، مما يقلل من كفاءة النظام. يعد الحشف الحيوي أكثر شيوعًا في الأنظمة التي تستخدم المياه السطحية (الأنهار أو البحيرات أو مياه البحر) التي تحتوي على مستويات أعلى من المواد العضوية. يمثل نمو الطحالب مشكلة خاصة لأنه يمكن أن يمنع تدفق المياه ويؤدي إلى زيادة استهلاك الطاقة حيث يعوض النظام انخفاض كفاءة نقل الحرارة. لمكافحة الحشف الحيوي، غالبًا ما تشتمل أنظمة معالجة المياه على مبيدات حيوية كيميائية (مثل الكلور أو البروم أو المركبات القائمة على النحاس) التي تقتل الكائنات الحية الدقيقة قبل أن تتمكن من تكوين غشاء حيوي. تعد المعالجة بالضوء فوق البنفسجي (UV) خيارًا آخر صديقًا للبيئة لمنع نمو الميكروبات.